Opoziční aktivity v Estonsku propukly v roce 1987 jako reakce na plánované otevření fosforitových dolů hrozící ekologickou katastrofou. V červnu 1988 po skončení festivalu v hlavním městě Tallinu začaly shromážděné davy spontánně zpívat vlastenecké písně. Tak se začala „zpívající revoluce“. Dne 1. 10. 1988 vznikla Lidová fronta, přičemž myšlenku nezávislosti na Moskvě podporovala i část komunistů. V listopadu byla schválena deklarace o suverenitě, která uznávala mimo jiné nadřazenost estonských zákonů nad zákony sovětskými. Brzy nato byly obnoveny národní barvy. Estonské vlajky spolu s lotyšskými a litevskými zavlály nad dvěma miliony lidí, kteří dne 23. 8. 1989 vytvořili „živý řetěz“.

Ve volbách v březnu 1990 zvítězila Lidová fronta spolu s pronezávislými komunisty a získala většinu v Nejvyšším sovětu. O měsíc dříve byl zvolen Estonský kongres, který však neměl reálnou moc. Hlasování se mohli účastnit pouze občané předválečného Estonska a jejich potomci včetně občané žijící v exilu. Voliči si mohli vybírat zástupce z desítek nových stran a hnutí. V referendu konaném v březnu 1991 většina Estonců hlasovala pro nezávislost své země.

Proti snahám o nezávislost se podobně jako v ostatních částech Sovětského svazu stavěl Interfront. Podporovali ho zejména zástupci početné ruské menšiny. Přelom nastal během puče v Moskvě. Dne 20. 8. 1991 byla vyhlášena nezávislost Estonska. Sovětská vojska, která vstoupila do Tallinu, byla po porážce pučistů stažena. Zástupci Nejvyššího sovětu a Kongresu vytvořili Ústavodárné shromáždění. Po schválení ústavy v září 1992 byl zvolen parlament nezávislého Estonska. Další léta provázena těžkými ekonomickými a společenskými reformami a v roce 2004 završena přistoupením k EU a NATO.