Działania opozycyjne w Estonii ożywiły się w 1987 r. jako reakcja na grożące katastrofą ekologiczną plany budowy kopalni fosforytu. W czerwcu 1988 po zakończeniu festiwalu w stolicy kraju Tallinie zgromadzone tłumy zaczęły spontanicznie śpiewać pieśni patriotyczne. W ten sposób rozpoczęła się „śpiewająca rewolucja”. 1 października 1988 powstał Front Ludowy, ideę uniezależnienia się od Moskwy popierała też część komunistów. W listopadzie przyjęto deklarację suwerenności, uznając m.in. wyższość estońskiego prawa nad sowieckim. Wkrótce potem przywrócono narodowe barwy. Flagi estońskie wraz z łotewskimi i litewskimi powiewały nad dwoma milionami ludzi, którzy 23 sierpnia 1989 utworzyli „żywy łańcuch”.

W marcu 1990 w wyborach zwyciężył Front Ludowy wraz z proniepodległościowymi komunistami, uzyskując większość w Radzie Najwyższej. Miesiąc wcześniej wybrano Kongres Estonii, nieposiadający realnej władzy. W tym głosowaniu mogli brać udział tylko obywatele przedwojennej Estonii i ich potomkowie, w tym także mieszkający na uchodźstwie. W wyborach startowali przedstawiciele dziesiątków nowych partii i ruchów społecznych. W marcu 1991 w referendum większość Estończyków poparła niepodległość kraju.

Dążeniu do niepodległości, podobnie jak w innych częściach Związku Sowieckiego, przeciwstawiał się Interfront. Popierali go głównie przedstawiciele licznej mniejszości rosyjskiej. Przełom nastąpił podczas puczu w Moskwie. 20 sierpnia 1991 ogłoszono deklarację niepodległości. Wojska sowieckie, które wkroczyły do Tallina, wycofano po klęsce puczystów. Przedstawiciele Rady Najwyższej i Kongresu utworzyli Zgromadzenie Konstytucyjne. Po przyjęciu konstytucji, we wrześniu 1992 wybrano parlament niepodległej Estonii. Kolejne lata to czas trudnych reform ekonomicznych i społecznych, uwieńczony przystąpieniem do UE i NATO w 2004 r.