V 80. letech narůstaly v Jugoslávii spory týkající se podoby federace. Komunisté ve Slovinsku usilovali o větší nezávislost republik a Srbsko se snažilo obnovit svrchovanost nad autonomními oblastmi Kosova a Vojvodiny. V obou republikách, a postupně i v dalších, nabývaly národní záležitosti důležitého společenského významu.

Vyjádřením zmíněných procesů byl XIV. sjezd Svaz komunistů Jugoslávie konaný ve dnech 20. –22. 1. 1990, který opustily, navzdory snahám předsedy Svazu komunistů Srbska Slobodana Miloševiče o nadvládu v zemi, chorvatská a slovinská delegace, přičemž delegace Bosny a Hercegoviny a Makedonie další jednání nepodpořily.

Fiaskem se skončila Západem podporovaná hospodářská reforma vyhlášená premiérem Ante Markovičem v červnu 1990 pod heslem „nový socialismus“.

Legalizace politických seskupení ve všech republikách v letech 1989 – 1990 a volby v dubnu až prosinci 1990 vedly ke ztrátě komunistické moci všude s výjimkou Srbska, kde v prosinci 1990 pod hlavičkou Socialistické strany Srbska vyhrály volby. Dne 23. 12. 1990 Slovinsko jako první republika uspořádalo referendum o nezávislosti a samostatnosti, za kterou hlasovalo téměř 90 % hlasujících.

Zrušení autonomie Kosova v březnu 1989 vedlo v této provincii k manifestacím a od roku 1990 k vytváření paralelních albánských struktur společenského a politického života. Lídrem se stal Ibrahim Rugova z Demokratické ligy Kosova.

Ústavní dodatky v Chorvatsku, odmítající komunistický charakter státu a obnovující národní symboly, vyvolaly odpor chorvatských Srbů. Situace kulminovala od srpna 1990 tzv. balvanovou revolucí (balvan revolucvija), kdy v oblastech ovládaných Srby byly zablokovány cesty. Dne 21. 7. 1990 byl vyhlášen vznik Srbské autonomní oblasti Krajiny.

V letech 1991 – 1992 byla vyhlášena nezávislost všemi republikami a začala válka ve Slovinsku (1991), Chorvatsku (1991 – 1995) a v Bosně a Hercegovině (1992 – 1995).