Estijoje opozicijos veiksmai pagyvėjo 1987 m. Tai buvo reakcija į gresiančią ekologinę katastrofą dėl planuojamos statyti fosforitų kasyklos. 1988 m. birželį pasibaigus festivaliui šalies sostinėje Taline susirinkusios minios pradėjo spontaniškai dainuoti patriotines dainas. Taip prasidėjo „dainuojanti revoliucija”. Spalio 1 d. įsikūrė Liaudies frontas. Nepriklausomybės nuo Maskvos idėją parėmė ir dalis komunistų. Lapkritį priimta suverenumo deklaracija, pripažįstanti Estijos teisės viršenybę prieš sovietinę. Nedelsiant sugrąžintos tautinės spalvos. Estijos vėliavos kartu su Latvijos ir Lietuvos plevėsavo virš dviejų milijonų žmonių, kurie 1989.VIII.23 nutiesė „gyvąją grandinę” – Baltijos kelią.

1990 metų kovą Liaudies frontas kartu su nepriklausomybės šalininkais komunistais laimėjo rinkimus ir gavo daugumą Aukščiausiojoje Taryboje. Mėnesį prieš tai buvo išrinktas Estijos Kongresas, kuris neturėjo realios valdžios. Šiame balsavime galėjo dalyvauti tik prieškarinės Estijos piliečiai ir jų palikuonys, įskaitant gyvenančius išeivijoje. Rinkimuose kandidatavo daugybės naujų partijų ir visuomeninių judėjimų atstovai. 1991 kovo referendume dauguma estų parėmė savo šalies nepriklausomybę.

Nepriklausomybės siekiams kaip ir kitose Sovietų Sąjungos dalyse priešinosi Interfrontas. Jį daugiausia rėmė gausios rusų tautinės mažumos atstovai. Lūžis įvyko pučo Maskvoje metu. 1991 rugpjūčio 20 d. buvo paskelbta nepriklausomybės deklaracija. Sovietų kariuomenė, įvesta į Taliną, pasitraukė po pučistų pralaimėjimo. Aukščiausiosios Tarybos ir Kongreso atstovai sukūrė Konstitucinę asamblėją. Priėmus konstituciją 1992 m. rugsėjį išrinktas nepriklausomos Estijos parlamentas. Vėlesni metai tai sunkių ekonominių ir socialinių reformų laikas, kurį apvainikavo įstojimas į ES ir NATO 2004 metais.