Devintajame dešimtmetyje kilo ginčai dėl Jugoslavijos federacijos formos. Slovėnijos komunistai siekė didesnio respublikų savarankiškumo, Serbija – sugrąžinti Kosovo ir Voivodinos autonominių regionų pavaldumą. Abiejose respublikose, o ilgainiui ir kitose, tautinių reikalų svarba darėsi esminė.

Šių procesų išraiška buvo 1990 sausio 20-21 dienomis vykęs XIV Jugoslavijos komunistų sąjungos suvažiavimas, iš kurio dėl Serbijos komunistų sąjungos pirmininko Slobodano Miloševičiaus siekimo dominuoti pasitraukė kroatų ir slovėnų delegacijos, o Bosnijos ir Hercegovinos bei Makedonijos atstovai nesutiko, kad posėdžiai vyktų toliau.

Fiasko patyrė Vakarų remiama ekonomikos reforma, kurią 1990 m. birželį su „naujojo socializmo“ šūkiu buvo paskelbęs Ante Markovičius.

Politinių grupių legalizavimas (1989-1990) visose respublikose ir rinkimai (1990. IV-XII) užbaigė komunistų valdžią visur, išskyrus Serbiją, kurioje rinkimus (1990. XII) laimėjo Slobodano Miloševičiaus vadovaujama Serbijos socialistų partija. Slovėnija pirmoji iš respublikų surengė referendumą (1990.XII.23) dėl nepriklausomybės, už kurią pasisakė beveik 90 % balsavusiųjų.

1989 m. kovą panaikinus Kosovo autonomiją, šiame regione prasidėjo visuomenės manifestacijos, o nuo 1990 m. kūrėsi albanų paralelinės socialinio ir politinio gyvenimo struktūros. Lyderiu tapo Ibrahimas Rugova iš Kosovo demokratinės lygos.

Kroatijos konstitucijos pataisos, atmetančios komunistinį valstybės pobūdį ir sugrąžinančios tautinius simbolius, sukėlė Kroatijos serbų pasipriešinimą. Apogėjumi tapo vadinamoji rąstų revoliucija (balvan revolucvija), kai nuo 1990 m. rugpjūčio rajonuose, kuriuose dominavo serbai, buvo blokuojami keliai. 1990.XII.21 buvo paskelbta Serbų autonominė apygarda Krajina.

1991-1992 – tai metai, kai buvo paskelbta visų respublikų nepriklausomybė ir prasidėjo karas Slovėnijoje (1991), Kroatijoje (1991–1995), Bosnijoje ir Hercegovinoje (1992–1995).